Towards a marine genetic view of deep-time Greenland (DeepGreen)

The field of sedimentary ancient DNA (sedaDNA), which studies ancient genetic signals preserved in sediments, allows us to reveal ecosystem-wide responses to past environmental changes beyond what has so far been possible with standard environmental proxies. Such insights are particularly important for the Arctic, where warming is happening at a rate four times faster than the global average and where important climate tipping points are of global societal concern (e.g. Greenland Ice Sheet collapse, sea ice decline). The potential of using sedaDNA to reveal marine ecosystem-wide responses to climate throughout multiple glacial-interglacial cycles is enormous, and there is a large interest in utilizing the full potential of sedaDNA to improve ecosystem modelling and achieve a sustainable development of the ocean. But this requires that we can retrieve and explore deep-time marine DNA archives. So far, sedaDNA recovered from ocean sediments in the Arctic region has not reached beyond ~0.1 million years, yet the oldest authenticated sedaDNA has recently been reported from Greenland (~2 million years). Our project aims to answer the following questions: How long can DNA be preserved in Arctic marine sediments? How far back in time can we use DNA to uncover interactions between climate, the ocean, and the biosphere? And how have arctic marine ecosystems reacted to past climate and ice shelf dynamics? To answer them, we joined the International Ocean Discovery Program (IODP) Expedition 400 to NW Greenland and recovered a continuous ~0.9-million-year record and additional samples estimated to be >2-4 million years old. The mineralogic composition is a key predictor of DNA retention and preservation in sediments. By identifying the mineral composition of our samples using quantitative X-ray diffraction patterns, our team, composed of members from GEUS, Globe Institute and IGN, will analyze the mineral composition of the samples, the preservation state of the DNA, and optimize DNA extraction protocols that are currently known to release only a fraction of the preserved DNA. Furthermore, we will apply metagenomic shotgun sequencing – a method to sequence and represent the full organismic complexity of the samples. Accompanied by reconstructions of paleoproductivity (biogenic silica, microfossils) and Greenland weathering, the genetic composition of the samples will be explored to reveal information about ancient marine ecosystems of NW Greenland and their responses to climate oscillations in the past.

Project leader / Projekt leder

Researcher Dr. Heike H. Zimmermann, GEUS, [email protected]


Project duration / Projekt periode

1st April 2024 – 31st December 2025

Mod et havgenetisk syn på dyb-tid Grønland (DeepGreen)

Sedimentært gammelt DNA (sedaDNA) kan bruges til at opspore ældgamle genetiske signaler, der er bevaret i marine aflejringer, og derved afsløre økosystemers respons på fortidige miljøændringer. Metoden gør det muligt at rekonstruere marine økosystemer i et væsentlig større omfang end hvad der hidtil har været muligt med standard miljøindikatorer. De nye indsigter der kan opnås med sedaDNA er særligt vigtige for Arktis, hvor klimaopvarmningen foregår fire gange hurtigere end det globale gennemsnit. Samtidig er den arktiske region genstand for vigtige klimavendepunkter af global samfundsmæssig betydning (f.eks. Grønlands indlandsis kollapser, havisens tilbagegang). Der er en stor interesse i at udnytte det fulde potentiale af sedaDNA til at forbedre økosystemmodellering og opnå en bæredygtig udvikling af havet. Men dette kræver, at vi kan hente og udforske dybtgående marine DNA-arkiver. Indtil videre er sedaDNA genvundet fra havsedimenter i den arktiske region ikke nået længere end ~0,1 millioner år, men for nylig blev det hidtil ældste autentificerede sedaDNA på ca. 2 millioner år rapporteret fra Grønland. På den baggrund eksisterer der et meget stort potentiale i brugen af sedaDNA til at afsløre marine økosystem-dækkende reaktioner på tidligere klimaændringer, som f.eks de markante glaciale-interglaciale skift der har fundet sted igennem Pleistocæn perioden. Vores projekt har til formål at besvare følgende spørgsmål: Hvor længe kan DNA bevares i arktiske marine sedimenter? Hvor langt tilbage i tiden kan vi bruge DNA til at afdække interaktioner mellem klimaet, havet og biosfæren? Og hvordan har de arktiske marine økosystemer reageret på tidligere klima- og iskappedynamikker? For at søge svar sluttede vi os til en International Ocean Discovery Program (IODP) ekspedition 400 til nordvest Grønland, der resulterede i prøver indsamlet fra et kontinuerligt kernearkiv over de sidste ~0,9 millioner år. Desuden blev der indsamlet prøver fra Pliocæn perioden, anslået til at være >2-4 millioner år gamle. Den mineralogiske sammensætning er en nøgleprædiktor for DNA-retention og -bevaring i sedimenter. Ved at identificere mineralsammensætningen af vores prøver ved hjælp af kvantitative røntgendiffraktionsmønstre vil vores team, sammensat af medlemmer fra GEUS, Globe Institute og IGN, analysere mineralsammensætningen af prøverne, bevaringstilstanden af DNA’et og optimere DNA-ekstraktion protokoller, der i øjeblikket er kendt for kun at frigive en brøkdel af det bevarede DNA. Ydermere vil vi anvende metagenomisk shotgun-sekventering– en metode til at opnå den fulde biologiske kompleksitet af prøverne. Ved at undersøge den palæo-genetiske sammensætning af prøverne, i kombination med rekonstruktion af palæoproduktivitet (biogen silica, mikrofossiler) og mineralogiske analyser, vil vi kunne afsløre informationer om gamle marine økosystemer i nordvest Grønland og deres respons på klimasvingninger i fortiden.